白蓮教徒接下滿清大臣納蘭元述（甄子丹）所下的對付革命黨人的命令后，在廣州街頭借“扶清滅洋”的口號大肆搗亂洋人的使館、教堂等地盤，甚至連小學(xué)生也不放過，他們的舉動(dòng)令黃飛鴻（李連杰）、十三姨（關(guān)之琳）與梁寬（莫少聰）異常氣憤。在某個(gè)醫(yī)學(xué)會(huì)議上，黃飛鴻與革命黨領(lǐng)袖孫文（張鐵林）一見如故，發(fā)現(xiàn)革命黨人對救國更具遠(yuǎn)見時(shí)，他決定幫助革命黨人逃過厄運(yùn)。隨后，他直搗白蓮教總壇決勝九宮真人，揭開迷信假像，又因奮慨國運(yùn)衰竭民智末開，不惜與納蘭元述決一死戰(zhàn)。